デプロイ途中で中断してしまったためにコンフリクトが起こった。
ログに以下のメッセージがあった。
That user can undo the transaction with "appcfg rollback"
要するにappcfg.pyを叩いて1度前の状態にロールバックしてやれば直るらしい。
appcfg.pyはgoogle_appengineのインストールディレクトリにある。
コマンドプロントで以下を実行
appcfg.py rollback <アプリのフォルダ>
例：appcfg.py rollback c:workshelloworld
実行するとログインを求められるのでメールアドレスとパスワードを入力。
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